Es befindet sich in der venezianischen Kirche von San Francesco. Seine Ausstellungsstücke aus dem westlichen Kreta und anderen Gegenden datieren aus der Jungsteinzeit bis zur Römischen Zeit und beinhalten Götzenbilder, Statuen, Inschriften, Waffen, Keramikstücke, Siegelsteine, Münzen, Schmuck, etc.

Eine große Sammlung zur Volkskunde und Informationen zur Geschichte der Insel. Die Archive sind mit die größten des Landes, nur übertroffen von den Staatsarchiven Griechenlands (täglich geöffnet von 8.00 bis 13.00 Uhr außer Samstag, Sonntag und gesetzliche Feiertage).

An der Mole am venezianischen Hafen findet man das kretische Marine-Museum, welches über die maritime Geschichte Kretas von der Antike bis zu der Schlacht um Kreta in 1941 informiert.

Die venezianische Loggia ist ein Museum, welches interessante archäologische Funde aus der Region ausstellt sowie eine ausgezeichnete Münzsammlung.

Das Museum befindet sich im Stadtzentrum von Rethymnon in einem historischen Gebäude aus dem 17 Jahrhundert. Die Sammlungen beinhalten über 5000 Ausstellungsstücken die aus Spenden, Einkäufen und aus der Umgebung stammen. Sie sind unterteilt in: Heimatkunde, welche geflochtene Körbe, Spitzen-Stickarbeiten, Kostüme, Keramik- und Metallarbeiten beinhaltet, sowie Informationen zu traditionellem Anbau und traditionellen Berufen, unterlegt mit historischen Dokumente, Fotografien, Karten, Waffen, Flaggen und Münzen.

Eines der wichtigsten Museen in Griechenland. Dort sind fast alle Funde aus der minoischen Zeit zusammengeführt. Töpfereien, Steinausgrabungen, Siegelsteine, Statuetten, Gold, Metallarbeiten, großartige Fresken aus den königlichen und kleinen Palästen sowie Herrenhäusern und letztlich der einzigartig bemalte Kalkstein Sarkophag aus Agia Triada.

Wertvolle historische Relikte von Kreta aus der byzantinischen (330 n. Chr.), venezianischer und türkischer Zeit und historische Dokumente der neueren kretischen Geschichte. Auch eine umfangreiche Sammlung von Volkskunst, bestehend aus Trachten, Textilien, Holzschnitzereien und Stickereien sowie einer Darstellung eines typischen kretischen Hauses.

Die erhaltenen Gebäude des Klosters und der Kapelle von Agii Deka beherbergen heute eine Sammlung von repräsentativen Werken der kretisch byzantinischen und post-byzantinischen Kunst. (Geöffnet Mo - Fr: 10.00-13.00)

Archäologische Sammlung. Enthält Funde aus der minoischen Zeit aus dem Malia Palast, vom Fourni Friedhof, und dem Heiligtum in Anemospilia.

Das Museum hat seinen Ursprung in einer privaten Sammlung, die über einen Zeitraum von dreißig Jahren von Giorgos Markakis, Professor für Augenheilkunde, Dozent und Schriftsteller gebildet wurde. Die Gebäude selbst sind einige der wichtigsten Exponate. Sorgfältig mit den vorherrschenden Rohstoffen (Stein-Holz-Ton) und der kreativen architektonischen Improvisation des Gründers gebaut, besitzen sie eine ästhetische Qualität einzigartig in der Region. Die Sammlungen sind sehr vielfältig, von landwirtschaftlichen Geräten über Stickereien und Kräuter bis hin zu Reimen. (Geöffnet vom 1. April bis 31. Oktober täglich von 09:00-14:00, Sa: geschlossen)

Das Museum zeigt archäologische Schätze aus der Zeit 6000 v. Chr. bis zum 2. Jahrhundert n. Chr. aus den Ausgrabungen im Osten Kretas.

Archäologische Sammlung. Enthält Marmorstatuen und Inschriften aus der griechisch-römischen Zeit.

Das Archäologische Museum beherbergt Funde aus Sitia, Zakros, Petra und Palekastro aus der minoischen Zeit.